Die Idee einer Schulungsburg für die weltanschauliche Bildung und Körperertüchtigung von SS-Führern wurde indes nicht verwirklicht. Vielmehr hatte Burghauptmann von Knobelsdorff die vage ideologische Vorstellung einer Art "nordischer Akademie". Unter seiner Leitung entstand die Reichsführerschule "SS-Schule Haus Wewelsburg", in der junge SS-Wissenschaftler pseudowissenschaftliche Zweckforschungen - vor allem in den Bereichen "germanische" Vor- und Frühgeschichte, Mittelalterliche Geschichte, Volkskunde und Sippenforschung - zur Untermauerung der SS-Ideologie betreiben sollten. Eine wissenschaftliche Bibliothek wurde eingerichtet. In den späteren Jahren plante Himmler den Ausbau der Wewelsburg zu einem ideologischen Zentrum mit gigantischen Ausmaßen für die SS. Für die Finanzierung des ehrgeizigen Bauprojekts gründete Himmler 1936 die "Gesellschaft zur Förderung und Pflege deutscher Kulturdenkmäler e.V." und setzte sie als Bauträgerin ein. Die Gesellschaft konnte als eingetragener Verein - anders als die SS als nicht rechtsfähige Parteigliederung - auf Spenden und Kredite zurückgreifen. Allein die Dresdner Bank beteiligte sich mit 13 Millionen RM am Bauprojekt, das bis 1943 rund 15 Millionen RM verausgabt hatte. Die megalomanen Planungen des Architekten Bartels betrugen gegen Ende des Krieges einen Gesamtkostenaufwand von weiteren 250 Millionen RM bei einer Bauzeit von 20 Jahren.

Die dreischenklige Wewelsburg sollte den Mittelpunkt einer kreisförmigen Gebäude-Anlage mit einem Radius von über 600 Metern bilden, für die das komplette Dorf Wewelsburg niedergerissen worden wäre. Die Bevölkerung sollte umgesiedelt werden. Der Nordturm sollte zu Versammlungs- und Weihezwecken umgebaut werden. In dem Kellergewölbe des Nordturms, der ehemaligen Zisterne des Schlosses, wurde die so genannte "Gruft" erbaut, die vermutlich zur Totenehrung verstorbener SS-Führer gedacht war. Im Erdgeschoss des Nordturms, der ehemaligen fürstbischöflichen Kapelle, entstand der "SS-Obergruppenführersaal", in dem sich Himmler mit seinen SS-Obergruppenführern treffen wollte. In der Mitte des Fußbodens wurde ein Marmormosaik in Form eines Sonnenrades eingearbeitet. Ein dritter Raum im Obergeschoss des Nordturms, der für SS-Führer geplant war, wurde nicht verwirklicht.

Als der Reichsarbeitsdienst, der den Freiwilligen Arbeitsdienst ersetzt hatte, 1938 zum Bau des "Westwalls" verlegt worden war, erwogen Himmler und Bartels - wie auch in anderen Wirtschaftsunternehmen der SS - den Einsatz von KZ-Häftlingen für ihr privates Bauprojekt, um die Bauarbeiten wegen mangelnder Arbeitskräfte nicht zu gefährden. Durch den Nachweis des Häftlingseinsatzes gelang es ihnen in den Folgejahren, regelmäßig Ausnahmegenehmigungen vom Bauverbot für das nicht staatliche, als kriegsunwichtig geltende Bauprojekt zu erwirken und damit die Fortsetzung der Bauarbeiten zu garantieren.

Im Mai 1939 kam ein Kommando krimineller Häftlinge ("BV-Häftlinge") aus dem KZ Sachsenhausen nach Wewelsburg. Die Häftlinge begannen mit dem Bau des so genannten "Kleinen Lagers". Zu Beginn des Polenfeldzugs am 01.09.1939 erhielt der Architekt Hermann Bartels den Befehl zur Einstellung aller Baumaßnahmen in Wewelsburg. Das Kommando wurde nach Sachsenhausen zurückgeschickt. Erst nach dem Sieg über Polen entschied sich Himmler für die Fortsetzung der Bauvorhaben. Am 12.12.1939 kamen erneut BV-Häftlinge aus Sachsenhausen nach Wewelsburg. Aufgrund von zwei - zum Teil tödlich verlaufenden Fluchtversuchen - ließ Himmler das BV-Kommando im Februar 1940 gegen Ernste Bibelforscher (Zeugen Jehovas) austauschen. Sie waren dafür bekannt, keine Fluchtversuche zu unternehmen.

Im Sommer 1940 errichteten die "Bibelforscher"-Häftlinge auf einem 2,87 ha großen Gelände am Ortsrand von Wewelsburg, in der Gemarkung Niederhagen, ein großes Schutzhaftlager. Seit Herbst 1940 kamen Häftlinge weiterer Kategorien, vor allem so genannte "asoziale" Häftlinge, nach Wewelsburg.

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KZ Niederhagen/Wewelsburg

Die Umwandlung des KZ-Außenlagers, das von der "Gesellschaft" finanziert wurde, am 01.09.1941 in das selbstständige Hauptlager KZ Niederhagen/Wewelsburg geschah nicht aufgrund der zunehmenden Größe des Lagers, sondern aus wirtschaftlichen Gründen. Durch den Verkauf des Außenlagers Wewelsburg an den Staat konnte die finanziell unter Druck geratene "Gesellschaft" entlastet werden. Lagerkommandant wurde Adolf Haas, Obersturmbannführer der Waffen-SS der Reserve das Schutzhaftlager in Wewelsburg.

Die Zahl der Häftlinge wuchs in der folgenden Zeit an. Neben deutschen Häftlingen, Bibelforschern, "BV"-Häftlingen, politischen und so genannten "asozialen" Häftlingen, Sinti und Roma, Homosexuellen und Juden wurden seit 1941 auch vermehrt ausländische Häftlinge, u.a. aus Polen, Tschechoslowakei, Frankreich, Niederlande und Belgien ins Lager eingewiesen. Seit 1942 kamen viele sowjetische Häftlinge, sowohl Kriegsgefangene als auch Zwangsarbeiter. 1942 befanden sich durchschnittlich rund 1.000 Häftlinge im Lager, bis 1943 stieg die Zahl auf rund 1.500 Häftlinge an. Krankheiten und Infektionen breiteten sich im Lager aus, die Versorgung mit Nahrungsmitteln verschlechterte sich seit 1941 stetig.

Die Häftlinge arbeiteten an dem Ausbau des Nordturms, in Steinbrüchen, beim Straßenbau und in verschiedenen Arbeitskommandos im Dorf. Die Arbeitsverhältnisse werden treffend mit dem Prinzip "Vernichtung durch Arbeit" beschrieben. Gewalt, Misshandlungen und schwere Disziplinarstrafen gehörten in Wewelsburg zu den grundlegenden Elementen der Lagerbedingungen. Das KZ Niederhagen galt unter den Häftlingen als besonders brutales und grausames Lager. Von rund 3.900 Häftlingen, die von 1939 bis 1945 ins Lager kamen, starben nachweislich 1.285 Häftlinge, allein 734 von ihnen waren sowjetischer Herkunft. Aufgrund der hohen Sterberate wurde im Sommer 1942 ein lagereigenes Krematorium eingerichtet.

Als selbstständiges Konzentrationslager diente das KZ Niederhagen in der Zeit von April 1942 bis März 1943 auch als Exekutionsstätte für die Gestapoleitstellen in Westfalen/Lippe. Nachweislich wurden 56 Menschen ermordet, davon 42 durch Erhängung und 14 sowjetische Kriegsgefangene durch Erschießen im nahe gelegenen Schießstand.

Nach der deutschen Niederlage bei Stalingrad konnte auch der Architekt Bartels den Abbruch der Bauarbeiten nicht mehr aufhalten. Aufgrund eines Erlasses vom 13. Januar 1943 mussten alle "kriegsunwichtigen Bauarbeiten", darunter auch die Wewelsburg, gestoppt werden.

Der größte Teil der Häftlinge wurde in den Monaten April und Mai nach Buchenwald, Ravensbrück, Dachau und Bergen-Belsen verlegt. Der offizielle Auflösungstermin des KZ Niederhagen war der 30.04.1943. Zu diesem Zeitpunkt befanden sich noch rund 150-200 Häftlinge im Lager, hauptsächlich Bibelforscher. Am 07.05. begleitete der Lagerkommandant Haas einen Häftlingstransport mit einem Teil der Wachmannschaften nach Bergen-Belsen. Ein Restkommando von zunächst 49 deutschen Häftlingen blieb bestehen, das als Außenkommando dem KZ Buchenwald unterstellt wurde. Die Zahl der Häftlinge reduzierte sich in der Folgezeit auf 42 Häftlinge, darunter 40 "Bibelforscher" und zwei politische Häftlinge. Das SS-Wachkommando wurde weiter reduziert. Die letzte Eintragung ins Sterbebuch stammt vom 12.04.1943. Danach wurden keine Todesfälle mehr verzeichnet. Die verbleibenden Häftlinge wurden in der Werkstattbaracke des Industriehofes untergebracht.

Das leerstehende Schutzhaftlager wurde seit Herbst 1943 als Umsiedlungslager des SS-Stabshauptamtes Volksdeutsche Mittelstelle für so genannte Volksdeutsche genutzt. Ende 1944 wurde eine Baracke des Lagers von einer in Gelsenkirchen ausgebombten Gestapo-Dienststelle bezogen. In dem ehemaligen SS-Lager wurde im Herbst 1943 ein Wehrertüchtigungslager eingerichtet.

Am 02.04.1945, gegen 7.00 Uhr morgens, kamen amerikanische Truppen nach Wewelsburg und zeigten sich überrascht, hier ein Konzentrationslager vorzufinden. Zwei Tage zuvor hatte Himmler die Wewelsburg von einem SS-Kommando sprengen lassen. Zwar brannte die Burganlage vollständig aus, doch blieben Außenmauern und der Nordturm bestehen. Die SS hatte zu diesem Zeitpunkt bereits Wewelsburg verlassen.

Das Schutzhaftlager wurde nach dem Krieg zunächst als Sammellager für "Displaced Persons" (DPs), ab 1946 als Lager für Flüchtlinge und Vertriebene genutzt, die in den Folgejahren die Baracken abrissen und eine Wohnsiedlung errichteten. Auf dem ehemaligen Industriehof entstand eine Gewerbesiedlung. 1965 wurde die letzte Holzbaracke abgerissen.

Nach 1945 wurde die Wewelsburg zügig wieder aufgebaut, doch die Bewohner der Region verdrängten die Erinnerung an die nationalsozialistische Gewaltherrschaft und ihre Opfer. Ein in der unmittelbaren Nachkriegszeit vor dem Lagertor errichtetes Holzkreuz verfiel, und ein frühes Mahnmal von 1950, bestehend aus zehn großformatigen Gemälden des Bürener Malers Josef Glahe in der "Gruft" des Nordturms, wurde kaum beachtet. 1975 entfachte ein Protestschreiben der DKP Lippstadt/Paderborn an den Kreistag den so genannten "Paderborner Mahnmalstreit", eine öffentliche, zum Teil heftig geführte Diskussion um die Auseinandersetzung mit der nationalsozialistischen Geschichte Wewelsburgs und um ein Erinnerungszeichen. 1982 wurde schließlich die Dokumentations- und Gedenkstätte "Wewelsburg 1933-1945. Kult- und Terrorstätte der SS" im ehemaligen SS-Wachgebäude am Burgvorplatz eröffnet. Die Gedenkstätte erfüllt seitdem ihre Aufgaben in der Vermittlung der Geschichte Wewelsburgs 1933-1945, der historisch-politischen Bildung, der Forschung und vor allem dem Gedenken an die Opfer der Gewaltherrschaft in Wewelsburg sowie der Betreuung von Überlebenden und der Angehörigen der Opfer.

Um eine Bebauung des ehemaligen Appellplatzes Ende der 1980er Jahre zu verhindern, wurden der Platz sowie die frühere Häftlingsküche offiziell unter Denkmalschutz gestellt. Die Bitte von Überlebenden des Konzentrationslagers, einen Gedenkstein auf dem authentischen Ort ihrer Leiden zu errichten, blieb jedoch unerhört.

Erst auf Initiative einer Gruppe junger Wewelsburger, die die "Arbeitsgruppe Gedenktag 2. April" gegründet hatten, konnten die Widerstände im Dorf gegen ein Erinnerungszeichen aufgebrochen werden. Im Jahr 2000 wurde das Mahnmal für die Opfer der Gewaltherrschaft im Beisein von Überlebenden des KZ Niederhagen auf dem ehemaligen Appellplatz eingeweiht.